Если контроллер отдельный девайс, то он может устанавливаться после того как поставится система. Тогда ставятся драйвера контроллера (они обычно идут на диске с драйверами для матери) и все должно запускаться. Проблема должна решаться, все должно работать стабильно и понятно, а не случайно обнаруживаться. При обнаружении должно быть доступно менять настройки девайса и сохранять их. Обычно если стоит контоллер на матери или встроен в чипсет, то мать должна иметь два типа подключения - IDE и SATA II. Система может грузиться с двух типов шин как с IDE, так и с SATA и с устройств, которые к ним подключены. ВОзможен вариант, когда надо перед установкой системы поставить драйвера контроллера "по предложению инстраллятора нажать F2(или F6) и установить устройства не работающие pnp.
В любом случае, надо открыть мануал и посмотреть что на матери стоит и как это все работает (там обычно пишут что работает по умолчанию, а что требует дополнительных инсталляций драйверов). после этого, надо посмотреть по карте где и какие перемычки стоят, что и какими джамперами регулируется и подключается-отключается. После этого все последовательно ставить и подключать. Потом включить комп и посмотреть как устроен биос. Обычно в нем все понятно до безобразия. Промахнуться и что-то пропустить трудно, если двигаться последовательно и спокойно - без спешки. Надо заходить в каждый раздел и смотреть что и за что отвечает и какие имеет параметры настройки и выбора. Обычно там все интуитивно понятно (если не понятно, лучше найти спеца который в этом разбирается и не изобретать ничего и не шаманить самому).
Теперь о подводных камнях. есть такая хрень как прерывание и ресурс шины. Каждое устройство, которое подключено к матери и инсталлировано на ней в виде чипсетов имеет свой адрес, байт состояния (ответ процессору на запрос состояния - происходит хрен знает сколько раз в секунду)) и прерывание - очередь по которой обрабатывается байт состояния (могу ошибаться в терминах, но кажется так). Так вот это прерывание устройства могут занимать вместе - каждое из устройств имеет приоритет по которому обрабатывается его общение с процессором, самым быстрым и основным ресурсам компьютера отдается высокое прерывание (преоритет) а таким как звуковые карты и пр обвес - низшие прерывания. Такие как память, шины, чипсет, дисковые контроллеры - отдается самое высокое прерывание. Вот надо еще смотреть не занято ли прерывание сразу двумя устройствами, это легко могут оказаться два контроллера - SATA и IDE (хотя в моей практике такого не было). Обычно когда покупаешь мать и ничего, кроме видеокарты в нее не тыкаешь - все работает идеально, поскольку она так и разработана была на заводе. Проблемы начинались когда втыкаешь пару контроллеров дисковых в PCI64 видеоконтроллер для захвата-вывода видео или звуковые контроллеры (то есть когда начинаешь строить комп под какие-то конкретные задачи, требующие больших ресурсов машины, а соответственно такие устройства лезут в высокие прерывания) и тогда возникали конфликты на уровне прерываний и приходилось в ручную в биосе разводить устройства на свои прерывания. Так вот я это все пишу к тому, что если в мать ничего кроме видеоадаптера не воткнуто, то все должно работать нормально. Проверьте еще раз все подключения, все разьемы (IDE весьма капризный разьем и сажать в него шлейф надо осторожно - легко гнуться ножки контроллера). Проверте что там с SATA контроллером и что в него подключено. Если устройство сидит на шлейфе IDE одно и больше ничего нет, джампер диска или резака должен стоять в мастере (на тыльной стороне в одном из углов его кормы должен быть блок с ножками контактов, на которых сидит джампер. Маркировка контактов и их комбинация указаны на корпусе дисков (у каждого производителя в разном месте). Так вот джампер надо поставить в master. Иначе контроллер диск не увидит. После того как подключение проверено, надо включить комп и проверить в биосе все ли контроллеры активированы и задействованы и посмотреть какие типы настроек у них есть. Если есть принудительная разводка по прерываниям - надо убедиться что они на разных прерываниях. Если оказалось что у них одно прерывание и в описании матери не написано что так и должно быть - то развести на доступные им прерывания в ручную. Обычно биос не даст посадить устройство на прерывание, которое ему недоступно.
Вот вроде и все. Если эти способы не дают стабильного и предсказуемого результата, то разобрать все к ебеням, и снова собрать, внимательно и не торопясь, проверяя каждый контакт и сверяя что к чему подключается и снова попробовать. если нет - в топку мать. Купить supermicro или intel. Еще ни разу в жизни (c 1993г.) не было лажи от этих производителей материнских плат. Всегда все вменяемо и стабильно подключалось и работало. Собираю себе станцию каждый год (апгрейд хренов обязателен) и обычно проблем с этим не имею. Потому и советую.
Почему советую все перебрать и добиться стабильности - потому что от таких вот шаманских подключений, без четкого понятия почему заработало и от чего, потом в один прекрасный момент диск перестанет видится, а на нем может оказаться очень нужная информация, либо запорется какая-то работа и потом восстановить ее будет невозможно. Вот это будет очень плачевно. Поэтому на уровне железа все должно работать как швецарские часы.
